네트제 계약했다가 나중에 세금폭탄 맞거나 퇴직금 정산할 때 문제 없나요?

병원이나 일부 업종에서 네트제로 계약 많이 한다는데.. 이게 나중에 연말정산 환급금이나 퇴직금 산정할 때 불리할 수 있다고 하더라고요.. 실제로 세금폭탄 맞은 사례가 있는지, 정산할 때 주의할 점은 뭔지 궁금합니다..;;