알바생 4대보험 가입 시 두루누리 지원금 수혜 받으면 나중에 근로자 퇴직금 산정 기준은?

주중 미들 타임 이모님 4대보험 가입 부담 덜려고 국가 공인 두루누리 보조금 시스템을 연동해 보험료 지원을 받고 있습니다. 문득 궁금한 게, 나중에 이모님 퇴직 퇴거 시 지급해야 할 근로자 퇴직금 계산할 때 두루누리 지원금 삭감 공제액을 반영 전 실질 기본급 단가 기준으로 퇴직금을 산정해야 법적 임금체불 고소 고발 마찰이 안 생기는지 궁금합니다.