스케줄제 근무 매장인데 직원 정기 휴무 외에 연차 관리는 다들 어떻게 하세요?

주 5일 근무로 돌아가는 매장이라 직원들 기본 정기 휴무일은 월별 스케줄표로 짜서 운영 중입니다. 그런데 근로기준법상 발생하는 연차 휴가는 이 정기 휴무 외에 별도로 대 대체 휴일 형태로 줘야하는 건지, 아니면 급여에 수당으로 포함해서 관리하는 게 정산할 때 서로 깔끔한지 다른 매장 관리법이 궁금합니다.