프랜차이즈 운영할 때 부가세 계산법 질문드립니다

프랜차이즈 매장 운영 중인데 매달 본사에 내는 로열티나 물건값에 포함된 부가세 계산법이 헷갈려서요. 나중에 환급받을 때 어떻게 서류 챙겨야 하는지.. 세무 대리인 쓰고 있긴 하지만 사장님들도 기본적으로 알고 계시는 게 좋다고해서 물어봅니다..